{% from "/macros/data_analysis/qc_metrics/qc_metrics.html" import qc_metrics %} {% macro balsamic_qc_metrics(samples, analysis_type) %} {% set metrics = [ {"name": "Läspar [M]", "key": "million_read_pairs", "description": "Antal sekvenseringsläsningar i miljoner läspar."}, {"name": "Duplikat [%]", "key": "duplicates", "description": "Sekvenseringsläsningar som är i duplikat och därmed ej unika sekvenser. Hög mängd duplikat kan tyda på dålig komplexitet av sekvenserad bibliotek eller djup sekvensering."}, {"name": "Medelfragmentlängd [baspar]", "key": "mean_insert_size", "description": "Medelstorlek av provbiblioteken som laddats på sekvenseringsinstrument. < 200bp kan tyda på degraderade provmaterial (t.ex. FFPE), innan biblioteksberedning."}, {"name": "Fold 80 base penalty", "key": "fold_80", "description": "Jämnhet av täckningsgraden över alla gener i analyspanlen. Ett värde mellan 1.0-1.8 visar god jämnhet."}, ] %} {% if "helgenomsekvensering" in analysis_type %} {% if "normal" in analysis_type %} {% set _ = metrics.extend([ {"name": "Täckningsgrad 15x [%]", "key": "pct_15x", "description": "Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns (15x). Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."}, ]) %} {% endif %} {% set _ = metrics.extend([ {"name": "Täckningsgrad 60x [%]", "key": "pct_60x", "description": "Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns (60x). Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."}, {"name": "Mediantäckning [baser]", "key": "median_coverage", "description": "Median av täckningen över alla baser inkluderade i analysen. Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."}, {"name": "Läsningar med felaktiga par [%]", "key": "pct_reads_improper_pairs", "description": "Andelen (primära) läsningar som inte är korrekt parvis justerade."}, ]) %} {% else %} {% set _ = metrics.extend([ {"name": "Mediantäckning [baser]", "key": "median_target_coverage", "description": "Median av täckningen över alla baser inkluderade i analysen. Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."}, {"name": "Täckningsgrad 250x [%]", "key": "pct_250x", "description": "Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns (250x). Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."}, {"name": "Täckningsgrad 500x [%]", "key": "pct_500x", "description": "Andel baser som är sekvenserade med ett djup över en specificerad gräns (500x). Det beräknas efter borttagning av duplikata läsningar."}, {"name": "GC Dropout [%]", "key": "gc_dropout", "description": "Ett mått på hur dåligt täckta områden, med >= 50% GC innehåll, är i jämförelse med medelvärdet. Om värdet är 5%, innebär det att 5% av alla läsningar som borde ha kartlagts till områden med GC <= 50%, kartlades någon annanstans."}, ]) %} {% endif %} {{ qc_metrics(samples=samples, metrics=metrics) }} {% endmacro %}